E o Instituto Jean Grey foi atacado e destruído em seu primeiro dia de funcionamento. A iniciativa que partiu de Logan e foi construída com a ajuda do Homem de Gelo, Fera e Kitty Pryde, havia sido em vão, tudo demolido e destruído. Seria mais uma vez o fim do sonho de Charles Xavier?
Na primeira edição da revista, muita gente indagou qual seria a motivação de Quentin Quire para continuar na escola, uma vez que ele claramente não está feliz onde está. A resposta veio de imediato, Rachel Grey o está prendendo com suas amarras telepáticas, ele não tem como fugir. Mas qual seria o interesse de Wolverine em ter um mutante encrenca no seu instituto e como ficou a situação do mesmo com Steve Rogers? Em um flashback nesta terceira edição da revista, é revelado que Logan e o Capitão América entraram em um acordo, o jovem estaria estudando no Instituto JG e que caberia ao Wolverine colocá-lo na linha. E com a seguinte frase, o Carcaju convenceu o líder dos Vingadores a dá-lo um voto de confiança: "Pode apostar que ele vai pagar pela zorra que ele aprontou naquela convenção. Ninguém quer isso mais do que eu. Só que, numa cela, a gente só ia criar um monstro".
E voltamos para o presente, onde a escola está sendo destruída e Quire é uma das últimas opções de salvamento. Kid Gladiador, que até então estava entediado, surpreendeu-se com o nível de ação do primeiro dia de aula. Estabelecido que o que atacava os mutantes era uma Krakoa bebê, Rachel tratou de invadir a mente da mesma, mas foi em vão. Foi então que Kid Ômega entrou em ação, usando sua gigante telepatia, acalmou o animal, que revelou para a Grey que também é uma mutante e que foi obrigada a atacá-los pelo Clube do Inferno.
Assim, milagrosamente o dia foi salvo, Krakoa reformou boa parte do que destruiu e começou a viver sob o Instituto em completa harmonia. E o Clube do Inferno? Bom, Logan preferiu não atacá-los. Mandou seu advogado, Matt Murdock, ter uma conversa com Kade Kilgore, ele exigiu "apenas" a quantia de 887 milhões de dólares, que devem cobrir qualquer prejuízo que o Instituto teve. Os inspetores da secretaria de educação tiveram suas memórias recentes apagadas, aprovaram a escola e Quire cometeu o ato mais heróico e ao mesmo tempo orgulhoso de sua carreira, não revelou a ninguém que salvou o dia. Para todos os efeitos, Krakoa ter se acalmado foi um milagre.
Tudo se encaminhava para um final feliz, até que na última página é revelado os planos do Clube do Inferno para revidarem a audácia de Wolverine, eles estão contratando Dentes de Sabre para atacar as crianças. Para saber se este Dentes de Sabre é mesmo Victor Creed ou como ele voltou, confira as próximas edições da revista solo do Wolverine.
Wolverine e os X-Men 3 tem roteiro de Jason Aaron e arte de Chris Bachallo, Duncan Rouleau e Matteo Scalera e foi publicada aqui no Brasil em Wolverine 99.