O Aranhaverso é um evento envolvendo praticamente todas as versões alternativas do Homem-Aranha. Assim, claro que Miguel O'Hara não iria deixar de participar. Recrutado junto com o Peter Parker do Universo 616, ele participa da missão de resgate ao grupo do Superior Homem-Aranha que termina com vários grupos se separando. Um deles, que permaneceu no ano de 2099, é composto por ele, pela Lady-Aranha (May Parker de um Universo Steampunk) e pelo Homem-Aranha de Seis Braços (um Peter Parker que permaneceu assim após o clássico arco original de Amazing Spider-Man 99-102).
Perseguidos tanto por Daemos quanto pelo Olho Público, o trio faz uma pausa no apartamento de Gabriel O'Hara para que Miguel possa ponderar suas próximas ações. Uma das estratégias que ele pensa é pedir ajuda para heróis não-aracnídeos na esperança de que os Herdeiros não tenham estratégias contra esses (o que não foi efetivo com os poucos que apareceram anteriormente). Daemos encontra o trio, mata o Aranha de Seis Braços e revela que May Parker não tem a essência da Aranha, usando apenas tecnologia. Os dois conseguem fugir do Herdeiro e levá-lo a uma armadilha na Alchemax.
Com Daemos preso, Miguel e May passam a dissecar o corpo de sua versão anterior. Eles buscam por fraquezas (encontram a radioatividade) e fontes alternativas para alimentação dos Herdeiros (não encontram nada). Daemos oferece "anistia" aos dois em troca da libertação, o que é recusado tanto por Miguel quanto por May. Assim, o Herdeiro comete suicídio para surgir em um novo corpo e retomar a caçada. Mas, Miguel tinha uma contramedida e contou com a ajuda do Justiceiro 2099 para que ele retardasse Daemos tempo suficiente para que Miguel e May fugissem para a Zona Segura.
Ao chegarem lá, eles encontram os corpos dos Aranhas mortos pelos Herdeiros e, quando Miguel encontra os escombros do Leopardon, decidem tentar conserta-lo. Os dois vão para a Terra-803, lar da Lady-Aranha, onde utilizam as instalações da Oscorp. O que May não sabia é que o pai de seu grande amigo Harold era o Duende Verde-803, Norman Osborn, que sabendo da presença da Lady Aranha na sua fábrica, envia o Sexteto Sinistro para atacá-los. Leopadon se reativa durante a batalha e os ajuda a derrotar os vilões. Com a tecnologia roubada dos vilões derrotados, eles terminam de consertar o robô gigante e partem para a batalha final contra os Herdeiros.
Peter David escreveu uma boa história do Aranha 2099, resgatando elementos da sua passagem clássica pelo personagem que ainda não haviam explorados, como toda a relação com o futuro dele. Há alguns furos, como a questão da passagem de tempo em que o Superior Homem-Aranha afirma ter passado semanas/meses recrutando Aranhas e os demais personagens agem como se tivessem passado apenas algumas horas. A arte de Will Stiney é medíocre e sem nata que a beneficie ou desmereça.
Esta história foi originalmente publicada em Spider-Man 2099 6 a 8 e, no Brasil, em O Espetacular Homem-Aranha 8 a 10.
